A AUTON elabora projetos de Estações de Tratamento de Efluentes sanitários e industriais e sistemas de reúso. Os projetos também podem ser do tipo Retrofit, com foco em aumento de capacidade, modernização e/ou correção de sistemas de tratamento. Estes projetos podem ser em níveis, conceitual, básico e executivo dependendo do entendimento técnico das necessidades de cada cliente.